Zadania kontrolerów Najwyższej Izby Kontroli w postępowaniu kontrolnym reguluje zarządzenie, które ukazało się 30 września br. Akt określa też zasady przygotowywania kontroli, dokumentowania czynności kontrolnych, sporządzania protokołu kontroli, wystąpienia pokontrolnego i informacji o wynikach przeprowadzonych kontroli, a także rozpatrywania zastrzeżeń. 

W zarządzeniu zapisano, że kontrolnej jednostki organizacyjnej w postępowaniu kontrolnym w szczególności m.in.: organizuje pracę jednostki i kieruje jej działalnością; reprezentuje Najwyższą Izbę Kontroli wobec innych organów i instytucji w sprawach objętych czynnościami kontrolnymi i w granicach upoważnień udzielonych przez Prezesa Najwyższej Izby Kontroli; podejmuje czynności zapewniające prawidłowy i terminowy przebieg postępowania kontrolnego; wyznacza podległych kontrolerów do wykonania określonych czynności kontrolnych. Kontroler wykonujący czynności kontrolne: przeprowadza kontrolę w jednostce kontrolowanej zgodnie z zasadami i trybem postępowania kontrolnego, programem kontroli i zaleceniami nadzorującego; dokonuje w sposób obiektywny ustaleń kontroli oraz rzetelnie je dokumentuje; sporządza odpowiednie dokumenty; niezwłocznie informuje doradcę prawnego o ustaleniach kontroli uzasadniających sporządzenie takich zawiadomień; bierze udział w rozpatrywaniu zastrzeżeń; dokonuje wstępnej oceny odpowiedzi na wystąpienia pokontrolne; wykonuje inne zadania w zakresie postępowania kontrolnego zlecone przez dyrektora. Z zarządzenia wynika ponadto m.in., że NIK prowadzi działalność na podstawie rocznego planu pracy uchwalanego przez Kolegium Izby. W razie potrzeby NIK, podejmuje, poza planem pracy, kontrole doraźne - specjalne, rozpoznawcze, sprawdzające albo skargowe.Dla kontroli ujętych w rocznym planie pracy opracowuje się programy kontroli. Każdy taki program oraz zmiany w nim zatwierdza Prezes lub upoważniony wiceprezes NIK. Akt zawiera też regulacje dotyczące dokumentowania kontroli, rozpatrywania zastrzeżeń do protokołu kontroli, wystąpień pokontrolnych i rozpatrywania zastrzeżeń do nich, a także informacji o wynikach kontroli. Zarządzenie Prezesa Najwyższej Izby Kontroli z dnia 1 września 2011 r. w sprawie postępowania kontrolnego (M. P. Nr 87 poz. 913) obowiązuje od 3 września br.