Co do zasady, kontrola wewnętrzna urzędów kontroli skarbowej będzie prowadzona na podstawie rocznego planu. Od tej zasady będzie można odstąpić w sytuacji, gdy Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej powziął wiadomości o nieprawidłowościach w danym urzędzie i zachodzi potrzeba niezwłocznej weryfikacji. Tak wynika z rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 31 marca 2011 r. w sprawie szczegółowego trybu postępowania w zakresie kontroli wewnętrznej urzędów kontroli skarbowej (Dz. U. Nr 71 poz. 376), które weszło w życie 12 kwietnia 2011 r.

Akt uwzględnia zmiany, jakie wprowadziła nowelizacja ustawy o kontroli skarbowej z 25 czerwca 2010 r. Jedna z nich polegała na uchyleniu przepisu, który do kompetencji kontroli skarbowej zaliczał kontrolę resortową jednostek organizacyjnych administracji celnej, podatkowej oraz kontroli skarbowej podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych, w tym urzędu obsługującego tego ministra. W miejsce kontroli resortowej powołano kontrolę wewnętrzną, sprawowaną tylko wobec urzędów kontroli skarbowej. Zgodnie z nowymi przepisami kontrola wewnętrzna będzie prowadzona jako kontrola planowa. Plan będzie podlegał zatwierdzeniu przez Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej, co powinno nastąpić w terminie do 31 grudnia roku poprzedzającego rok, w którym ma być prowadzona kontrola. Wyjątek dotyczy planu kontroli na rok bieżący, który powinien być zatwierdzony w terminie do 15 kwietnia 2011 r. W przypadku powzięcia przez Generalnego Inspektora wiadomości o nieprawidłowościach w zakresie działalności danego urzędu, kontrolę będzie można przeprowadzić poza planem.

Kontrolą zajmie się zespół składający się z co najmniej dwóch inspektorów lub pracowników komórek organizacyjnych, przy pomocy których Generalny Inspektor wykonuje swoje zadania. W sprawach wymagających specjalistycznej wiedzy, zespół będzie mógł wnioskować o powołanie w charakterze konsultanta pracownika lub funkcjonariusza celnego zatrudnionego albo pełniącego służbę w urzędzie obsługującym Ministra Finansów albo w jednostkach organizacyjnych podległych lub nadzorowanych przez Ministra. Inspekcję należy przeprowadzać w godzinach pracy urzędu. W razie konieczności będzie to można uczynić również w dniach wolnych od pracy lub poza godzinami pracy. Przewidziano także możliwość prowadzenia kontroli lub poszczególnych czynności w siedzibie Ministerstwa Finansów. Uprawnienia kontrolujących zostały określone w § 5. W rozporządzeniu wskazano też uprawnienia dyrektora kontrolowanego urzędu, umożliwiając mu czynny udział w czynnościach kontrolnych (§ 7). Z przebiegu kontroli należy sporządzić protokół. W ciągu 14 dni od podpisania protokołu, dyrektor może złożyć zastrzeżenia lub wyjaśnienia do zawartych w nim ustaleń. Zespół kontrolny będzie miał 14 dni, aby dokonać ich analizy, ewentualnie podjąć dodatkowe czynności. Wystąpienie pokontrolne należy sporządzić w ciągu 30 dni od dnia podpisania protokołu, a gdy złożono zastrzeżenia lub wyjaśnienia - od dnia doręczenia dyrektorowi zawiadomienia o sposobie ich załatwienia. W terminie 30 dni od dnia otrzymania wystąpienia pokontrolnego, dyrektor kontrolowanego urzędu powinien przesłać Generalnemu Inspektorowi informacje o sposobie realizacji zaleceń lub o stanie ich realizacji, wraz ze wskazaniem terminu ostatecznego ich wykonania.